1 сентября 1956 года была открыта Таллиннская 25 средняя школа – первая школа в районе Ласнамяэ. В 1998 году школа получила статус гимназии и сменила название на Таллиннскую Паэ гимназию. В 2016 г школа отметила свой 60-летний юбилей. Первым директором был Николай Васильевич Шестаков (1956-1979). Евгений Константинович Платонов возглавлял школу в 1979-1986 гг. Следующим директором была Надежда Николаевна Шумилова (1986- 1992). Василий Иванович Кузнецов руководил школой в 1992-2001гг. В настоящее время, начиная с 2001г, директором гимназии является Изабелла Ефимовна Рийтсаар.

На протяжении своей многолетней деятельности школа доказала свою жизнеспособность. В школе работает высококвалифицированный, знающий и любящий свою профессию педагогический персонал, создающий условия для развития каждого ученика.

Важнейшие события в истории школы:
с 1989 - 1993 были открыты старшие классы с углубленным изучением реальных и гуманитарных предметов;
С 1991 года были открыты классы с углубленным изучением английского языка со 2 класса. В настоящий момент в гимназии ведется изучение эстонского, английского, немецкого, финского, китайского и французского языков;
С 1992 года в школе организовано ученическое самоуправление;
С 1993 года введена традиция «Посвящение в старшеклассники»;
С 1993 года ведется традиция на «День посвящения в первоклассники» Таллиннской Паэ гимназии приглашать в качестве гостей педагогов из тех детских садов города, чьими воспитанниками были наши пeрвоклассники;
В 1996 - 2002 гг. Паэ гимназия стала самой первой школой в Ласнамяэ, где начальные классы работали в рамках эстоно-американской программы «Hea algus». Опыт эксперимента при работе с данными классами послужил основой для многих учителей нашей республики. Элементы методики «Hea algus» используются до сих пор в преподавательской практике;
С 1 сентября 2003 действует проект по методике позднего языкового погружения;
С сентября 2006 г открыты подготовительные классы – дошкольная академия «Proventus»;
С 1 сентября 2009 г в школе работает программа раннего языкового погружения;

С 2010 года дни спорта и здоровья проходят за пределами школы;
С 2013 года в школе используется методика тематического обучения;
С 2014 года в школе проводятся дни карьеры;
С 2015 года началось уровневое обучение по ряду предметов;

2016: школа отметила свой 60-летний юбилей;

2017: принята новая программа развития Таллиннской Паэ гимназии на период с 2018 по 2020 год;

2018: возведена новая пристройка с восемью просторными классами;

2019: Паэ гимназия приняла участие в инновационном проекте по реорганизации пространства вокруг школы. В ходе проекта была построена уличная сцена, обновлена баскетбольная площадка, а также построен класс для занятий на улице;

2020: школа присоединилась к программе по предотвращению насилия в школах KiVa;

2021: во внутреннем дворе школы были построены модульные классы, благодаря чему все ученики снова смогли учиться в первую смену. Кроме того, была открыта площадка с уличными тренажерами, а также детская площадка.

Гимназия активно участвует в проектной деятельности на городском, республиканском и международном уровне.
Свыше 35 лет в школе существует оркестр русских  народных инструментов «Русский сувенир», известный как в республике, так и за ее пределами. С 2013 года начал работу хор начальной школы, который в 2017 и 2019 годах году принимал участие в республиканских праздниках песни. С 2017 года была открыта танцевальная группа, которая в 2019 году представила нашу гимназию на республиканском празднике танца.
Ученическое представительство участвует в школьных, городских, республиканских и международных проектах, сотрудничает с детскими садами, участвует в принятии решений.

Школа осуществляет активное сотрудничество с попечительским советом. Эта организация участвует в жизни школы, помогает проводить мероприятия (спортивные дни, благотворительные ярмарки и концерты, экскурсии и т.д).
В гимназии успешно реализована программа развития на период с 2018 по 2020 год. Сейчас принята программа развития гимназии до 2024 года.